L'apparition de maladies chez les occupants d'environnements «moisis» a été très largement décrite dans la littérature. Les effets sur la santé des moisissures et métabolites associés sont nombreux : infections, allergies, toxi-infections, irritations. La prévalence et la sévérité des maladies déclarées chez l'enfant et l'adulte semblent corrélées avec une augmentation des surfaces contaminées dans l'habitat. Cependant, la caractérisation de l'exposition des personnes reste méconnue. L'objet du travail de thèse a essentiellement porté sur le développement de méthodes d'analyse de la qualité microbiologique des milieux, la définition et la validation d'indicateurs de surveillance de cette qualité. Ainsi, cette recherche a porté à la fois sur le développement et l'amélioration des techniques de prélèvement mais également sur la mise au point et l'adaptation de méthodes de dosage et de reconnaissance indirecte, basées en particulier sur la recherche des produits du métabolisme (COV spécifiques) ou de constituants cellulaires spécifiques (Ergostérol, mycotoxines). L'étude des COV d'origine fongique a permis de définir une liste de 18 traceurs chimiques pertinents associés à un développement fongique. A partir de l'étude de ces composés, nous avons établi un indice de contamination fongique des locaux. Des prélèvements in situ réalisés dans 12 habitations ont permis la validation de cet indice. Par ailleurs, une méthodologie originale de quantification de l'exposition aux moisissures par l'évaluation de la biomasse et des mycotoxines aéroportées a été proposée. Le taux de transfert matériau-air d'une mycotoxine (la stérigmatocystine) a également été étudié.