Face à la prolifération d'algues vertes dans des baies sensibles à l'eutrophisation, peut-on, et comment, maintenir une agriculture productive, durable, viable à faibles émissions de nitrate ? Quelles évolutions faut-il imaginer puis mettre en œuvre ? La réponse à ces questions passe par la conception de solutions nouvelles et par une démarche collective d'innovation. Un processus d'innovation territorial a été mené sur les bassins-versants de la Lieue-de-Grève en Bretagne (Côtes d'Armor) pour accompagner l'évolution des exploitations agricoles vers des systèmes de production durables à faibles émissions de nitrate. Initiée par un collectif d'agriculteurs et d'élus locaux et associant les chercheurs (programme ANR Acassya (2010-2013), la démarche comprend plusieurs étapes : diagnostic partagé et co-construction de pistes de travail, élaboration d'indicateurs guides systémiques, apports de la modélisation agro-hydrologique dans l'évaluation de scénarios pour une démarche en boucle de progrès, mise en œuvre et suivi de changements dans des fermes pilotes. L'effet des dynamiques d'acteurs locaux sur le déroulement des processus d'innovation est analysé. Cette expérience incite, dans les programmes de recherche reposant sur la co-construction acteurs - chercheurs, à penser les processus d'innovation dans leur globalité, au-delà de leur phase de conception et en s'inscrivant dans le temps long.